Проверить сайт на вирусы можно на сервисе http://2ip.ru/site-virus-scaner/. Более серьезный ресурс для проверки сайта на вредоносный код http://antivirus-alarm.ru/. Проверяет различные функции такие как вирус на сайте, вредоносные JavaScript, плавающие вредоносные фреймы, IE атак, укажет сомнительные ссылки и т.п.