У любого явления есть сильные и слабые стороны. Плюсы и минусы. Индексатор Гугла очень шустрый (это вроде бы как плюс). Но вот только вчера Вам сайт взломали и залили дорвей, а уже сегодня все 3000 страниц этого мусора в индексе. И Вы вроде бы тут же все удалили, время идет, а мусор успешно держится в индексе.
Дело в том, что Гугл держит страницы в индексе подолгу, добровольно не отпуская. Такой же эффект будет у Вас, если Вы освободили домен. Домена с нами давно уж нет, а контент в индексе есть. Причем держаться он там может и по 3-4 месяца.
Что нужно делать в таких случаях?
Вариант 1. В индекс попала временная или случайная страница. В этом случае страницу можно удалить через панель вебмастера Гугла. Способ подойдет в случае, если страницы с таким адресом в будущем не будет использоваться. Например, как раз в случае с трояном.
Вариант 2. Запретить индексацию полностью. Для всех поисковых систем. Полезно в тех случаях, когда хотите перейти на новый домен, а старый забросить.
Вариант 3. Подмножество 2-го варианта. Запретить индексацию части страниц, отдельные файлы, директории. Также можно «попросить» поисковик игнорировать некоторые GET параметры с помощью cleanparam в robots.txt.