Для борьбы с вирусами на сайте следует придерживаться следующих пунктов:
1. Первым делом проверить файл .htaccess на содержание лишнего кода и ссылок.
2. Если хостинг-провайдер предоставляет услуги по проверке и очистке от вирусов обратитесь к нему.
3. Проверьте сайт штатным антивирусом.
4. Найдите вирусный код и удалите его.
5. Затем (ОБЯЗАТЕЛЬНО) меняем пароли к админ-панели, FTP и серверу.
6. Отправляем сайт на проверку в ЯндексВебмастере. Обычно это занимает от 2 до 3 дней.